Antes de haver um projeto da saúde, propriamente, já nesta escola se abordavam alguns temas- polémicos, alguns (para a época, como ensinar aos alunos o aparelho reprodutor que não era bem visto por alguns pais/ encarregados de educação). A saúde e o conhecimento do corpo era, pois, já uma vertente que a escola pretendia desenvolver na formação de jovens íntegros e responsáveis.
O Projeto da Saúde começou na escola ao mesmo tempo que o PEPT 2000/ ESCOLA, em 1992/93, contudo, só veio a ter projeto próprio em 1994/95, como se pode ver pela notícia do Pequeno Jornalista nº26, dezembro de 1994:
Nessa altura, a coordenadora do projeto era a professora Teresa Portal.